蕹菜根腐病病菌借雨水或灌溉水传播蔓延，进行侵染。高温、高湿利其发病，连作地、低洼地、粘土地或下水头发病重。
苗期、成株期均可发病，成株期发病较重。初发病时植株稍萎蔫，检视根茎部变为褐色至黑褐色略凹陷，表皮呈湿腐状，湿度大时病部生出稀疏的稍带粉红色的霉状物，即病菌分生孢子梗和分生孢子。严重株经半个月左右即枯死。常见的防治方法如下：
1、发病初期喷洒或浇灌50%甲基硫菌灵(甲基托布津)可湿性粉剂500倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、60%防霉宝超微可湿性粉剂800倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，采果前3天停止用药。
2、用40%拌种双粉剂每平方米8克处理土壤。
3、施用酵紊菌沤制的堆肥或充分腐熟的有机肥。使土壤有机质含量高于2%，适量施用化肥，防止土壤酸化，施用SH土壤添加物，如动物粪便、糠麸、锯末、骨粉、饼肥、蔗渣、菇类堆肥、泥炭等可防止根腐病的发生。
4、采用高畦栽培，认真平整土地，防止大水漫灌及雨后田间积水，苗期发病要及时松土，增强土壤透气性。
5、选用耐寒和耐雨水的品种。有条件的与十字花科、百合科作物实行3年以上轮作。
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