对于小麦芽孢叶枯病的防治可采用两种防治措施：一是农业防治;二是化学药剂防治。
农业防治：
选用抗病品种和无病种子如：郑州3号、花培28、小偃6号、周麦10号、阿勃、西农88、西农881、丰产3号、秦麦12号等较抗病。由无病种子田留种。
适时播种，合理密植。对分蘖性强的矮秆品种尤其要注意控制播种量。施用酵素菌沤制的堆肥或充分腐熟有机肥，避免偏施、过施氮肥，适当控制追肥。冬季灌饱，春季尽量不灌或少灌。早春耙耱保墒，严禁连续灌水和大水漫灌。
化学药剂防治：
对低湿、高肥、密植有可能发生小麦芽孢叶枯病的病田块或历年秋苗发病重的地区或田块，于越冬前和返青后喷洒80%多菌灵超微粉剂1000倍液，每667m2用量50g超低量或常规喷雾。也可选用36%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、25%三唑酮乳油2000倍液。
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