【病原】番茄根霉菌果腐病为Rhizopus stolonifer (Ehrenb.) Lind，称匍枝根霉，属接合菌门真菌。番茄根霉菌果腐病近年来在保护地栽培中时有发生，只危害果实，而且多危害已经成熟但未能及时采收的果实，特别是靠近地面的果实最容易发病。果实发病，没有明显的病斑，一开始就大面积软化，随之病部密生白色霉层，不久在白色霉层上密生蓝黑色丝状物，最后病果腐烂。
【发病规律】 病菌腐生性强，分布非常普遍。可以附着在蔬菜病残体上营腐生生活。病菌从伤口或生活力极度衰弱的部位侵入。病菌喜温暖湿润气候，最适生长温度为23～28℃，最适宜的空气相对湿度在80％以上。
【防治方法】
①农业措施 果实成熟后及时采收，避免果实过熟。精心管理，避免产生各种伤口，减少病菌侵染机会。降低棚室内的空气湿度。
②药剂防治 可喷50％多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50％苯菌灵可湿性粉剂1000倍液，或50％混杀硫悬乳剂500倍液，或70％甲基托布津可湿性粉剂800倍液。
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