番茄黄化曲叶病毒病基因变异快，病毒复合侵染严重频繁。所以，防治时要综合各方面来进行，只有全方位、立体的进行防治，才能收到满意的效果。
首先，做好检疫工作。对从外地调运的幼苗，特别是从发病区调运的幼苗，务必在调运前委托具有病毒检测能力的大学等研究机构进行抽样快速检测，若幼苗中检测到该病毒，建议不要调运。
其次，再具体种植过程中，要注意几点如下：
1、轮作。与茄科以外的其他作物如葫芦科的黄瓜、西葫芦、苦瓜、丝瓜或豆科的豆角、芸豆、扁豆等实行3年以上的轮作。
2、选择抗病性较强的品种。防治病毒病最有效的方法是培育、种植抗病品种，而目前我国生产上推广的番茄品种都不抗该病毒。国外有些品种具有高抗特性，又不适合中国人的口味。因此，从长期来考虑务必要培育符合中国人口味的抗病品种。目前，很多单位都在积极研制抗此病的专用品种。同时，菜农需要注意的是，番茄抗病毒病育种十分困难，对有些商家声称具有很强抗病性甚至免疫的品种，需要先进行谨慎的试验再大面积种植。
3、正确诊断。发病初期，症状可能与缺素症、普通花叶病毒病相混淆而引起更严重的损失，务必及时与当地植保部门联系。
4、加强田间管理。定植后适当控制氮肥，增施磷钾肥，增施有机肥。保持田间湿润，浇水要少量多次，促进植株生长健壮，增强植株抗病能力。及时进行植株调整，摘除病株、病叶。喷施营养剂，促进叶片增绿，提高光合效率。
5、尽量避免接触传染。在绑蔓、整枝、打杈、点花和摘果等操作时，应先处理健株，后处理病株，定时用肥皂水和磷酸三钠溶液洗手和工具。
6、清洁田园。及时清除病株，减少病毒源。发现病株或疑似病株，务必及时拔除深埋，深度大于40厘米。及时清除田间杂草和残枝落叶减少虫源和毒源。
7、最后，改善栽培环境，高温干旱有利于病毒病发生，因此应加强通风，降低温度，干燥时可通过定期向棚膜和地面喷洒水的方法增加相对湿度。
对于番茄黄化曲叶病毒病，漯河汉翔生物科技有限公司有对应的产品治疗，特别是对病毒病和纹枯病有特效。产品名叫病毒威，采用复配配方，选料优质，是治疗病毒病的好产品。规格20毫升/瓶。剂型：乳油。使用：喷施。
除此以外，我们还可应用抗病毒疫苗，这些疫苗是种弱病毒，把它先接种在蔬菜上，能引导蔬菜先产生抗病毒的物质，保护蔬菜不受危害性强的病毒侵染。具体做法是：在播种或移栽幼苗时，用600倍植物病毒疫苗溶液浸泡种子8-10分钟，用清水洗净种子，再催芽或播种。或将幼苗根部浸泡在溶液中3-5分钟，使根系浸满药液后再种植。在幼苗或定植后，可用600倍植物病毒疫苗水溶液喷淋根部，连喷2次，每隔7天一次。另外，开花结果期是蔬菜病毒病发病高峰期，在开花前期要再喷洒1次病毒疫苗600倍溶液。