2016年，欧洲市场的内分泌干扰物标准、新烟碱类杀虫剂、分区登记和平行贸易许可得出台因延迟和周期性截止期的退后而受阻。同时，草甘膦的恢复使用、进口转基因作物等争议仍在继续。
自识别内分泌干扰物标准自错过了2013年12月的最后建立期限一直停滞后，欧洲委员会终于在2016年6月公布了推荐标准。其中包含农化产品和生物农药的两条拟定管理条例。此举终于结束了2013年以来的漫长等待，也导致了欧洲法院来自欧洲国会和各阁僚的批评。
但该提案受到了太平洋两岸行业也会的谴责。他们认为，欧洲委员会仅以对人类健康有反作用，内分泌作用方式，及两者间的相互作用关系作为唯一的基础作为标准内容。而不考虑内分泌干扰物的能效和经济效益。
作为农化产品，欧洲委员会建议调整条例内容以减少因内分泌干扰物禁令而可能带来的减损，从而可以考虑最新的科学研究并应用于生物农药的减损。内分泌干扰物农化产品法律基于“可忽略暴露”而得到豁免，但需要更新“可忽略风险”以与生物农药法律相匹配。这就需要考虑更多的风险评估，但是基于潜在风险禁止有效成分应用的途径仍然保持，委员会强调。对比欧洲的做法，美国植保产业协会表示欧洲当局在“预警”的支持下又一次脱离了合理的科学依据。
WTO成员亦表示该提案将有碍农化产品贸易
WTO成员国也对该提案提出了批评，表示说严苛的提案将成为农化产品交易的阻碍。大部分评论是针对计划使用的内分泌干扰物标准作为风险评估界值点的部分，其将停止有效活性成分的登记。
欧洲委员会2016年11月颁布了修订提案，但尽管修订版本力求澄清某些问题，其在WHO定义中基于单一标准的评估方法仍然是完整的。
12月，欧洲委员会将管理农化产品潜在内分泌物的提案分为了两个部分，以处理反对先相关反对意见。其中一个未见包含了最近的修订标准用于识别内分泌干扰物，另一个文件包括了因内分泌干扰物禁令带来减损的推荐修正案。委员会希望讨论能朝着两个方案各自的方向进行，而不是因法律问题而阻碍了科学标准的讨论。
但是欧洲委员会表示更深入的讨论还需要欧洲成员国对提议的标准取得一致意见。提案已经安排在2016年12月21日欧洲常设委员会植物、动物、食物、饲料会议进行可能性投票，但各成员国的立场还是未变。
新烟碱类
欧洲食品安全局（EFSA）对新烟碱类杀虫剂噻虫胺、吡虫啉和噻虫嗪的种子处理剂和颗粒使用的风险评估在2016年同样是错过了最后的发布日并进行了推迟。因对蜜蜂健康2013年欧洲委员会暂缓了以上三种农药的多种用途，并表示将于两年内发布解决措施。11月，EFSA确定噻虫胺和吡虫啉对蜜蜂存在高危风险，评估数据来源于产品登记者。鉴于赶不上在2017年1月正式发布政策，EFSA向欧洲委员会申请延期至2017年11月正式发布。
与此同时，法国则在6月其国民大会上对禁用新烟碱类杀虫剂的禁令进行了投票，并于2018年9月1日起开始禁用该类产品。
欧洲调查
欧洲委员会发布的一份调研报告表示持续延迟的做法也困扰了欧洲农药登记条例（1107/2009）的各方面。增加力量、行政负担和独立的国家导致区域产品审批系统推迟，成员国之间不接受其他国家的评估结果。在农化产品平行贸易许可区域，只有一半的欧洲成员过依照45天的截止期限要求作出应用决定。
11月，欧洲委员会公布了农药管理1107/2009和农药残留条例396/2005的复审路线。复审将在委员会的REFIT项目下开展，旨在使立法过程更简单并节约费用。项目将审查目标、执行情况、效果和识别因素等阻碍原因。项目计划与2018年11月完成。
草甘膦
草甘膦的批准于6月30日过期，欧洲成员国迟迟不能决定是否恢复其产品使用，导致整个欧洲农化产业焦虑不安。尽管EFSA去年就批准了草甘膦，并且FAO/WHO农药残留联席会议草甘膦不可能具有致癌风险的结论也给EFSA的观点增加了信心。
在欧洲成员国未能达成一致的情况下，欧洲委员会最终在草甘膦到期的前两天决定给予18个月的延长使用期。该期限将持续到欧洲化学局（European Chemicals Agency）完成致癌物分类的复审。8月，当局在草甘膦延长期限上新增了使用条件，旨在最小程度的使用草甘膦。
收购兼并
8月，欧洲委员会发起了一项对于陶农科母公司陶氏化学和杜邦合并的深入调查，调查该合并是否符合欧洲并购法规。委员会就此推迟了三次结果发布，目前表示的截止是2017年2月28日。
10月底，欧洲委员会开启了中国化工收购先正达是否符合欧洲并购法规的深入调查评估。最终公布日期为2017年4月12日。同时，中国化工计划收购其子公司安道麦剩余40%股份，此并购委员会已清除。
持续性
6月，19个欧洲成员国代表和EFSA草拟了一份加速低风险农化产品审批过程的计划。再则，委员会还给予了第四部分低风险有效成分优先复审其现有欧洲农化产品批准（AIR-4）的权力。计划包含了低风险有效成分的识别标准修订提案，旨在使标准清晰和简化确。
