辣椒畸形果与正常果实果型相比有差异，如出现扭曲、皱缩、僵小、畸形等，横剖果实可见果实里种子很少或无，有的发育受到严重影响的部位内侧变褐色，失去商品价值，该病属于生理性病害，由于环境气候条件变化和管理不当，而导致果实发育畸形，发生畸形果的种类主要有以下类型：
1 变形果
主要表现是果实形状生长不正常，如柿饼状、蟠桃状、扁圆形、无规则形状或顶端变尖、或双子房果实、或裂瓣果实、或脐部突起果实等。
发生原因：由于开花期温度高于30 ℃或低于15 ℃，或根系发育不好，或水肥不足、光照不良等，易诱发畸形果。而植株生长过旺时，或结果期遇冬季低温易出现变形。
预防措施：根据当地气候条件及保护地设施的保温性能，选择适宜的种植茬口，培育适龄壮苗。采取措施，促进根系发育。在施足基肥的基础上，进入开花结果期适时追肥浇水，酌情喷施磷酸二氢钾叶面肥，在保护地的辣椒开花结果期，采取适宜措施，维持所需的气温和地温、光照及空气湿度，协调好坐果与茎叶生长之间的关系，采取措施减少落果，以防植株营养生长过旺。
2 僵果
果实坐果后不久，就停止生长发育，早期呈小柿饼状，后期呈草莓状，果实不膨大，果实皮厚肉硬，果内无种子或少籽，果柄长。
发生原因：在花芽分化阶段，幼苗受不良环境条件，如苗床内土壤干旱、温度高于30 ℃或低于15 ℃、病害等影响；或正常花在温度过低时，不能正常授粉；或种植过密，植株营养不良，夜温偏低、光照不足、干旱等均诱发僵果。露地辣椒在7月中下旬，保护地辣椒在12月至翌年4月易发生僵果。
预防措施：选择适宜品种，合理密植。避免分苗过迟，在幼苗花芽分化阶段和开花结果期，要采取多种措施调控环境，气温白天为25～30 ℃，夜间为15～18 ℃，空气相对湿度以60%～70%为宜，适时追肥浇水，整枝打顶。
3 花青素果
该症状主要发生在果实或叶片上。果实表皮下面出现分布不均匀的紫色色素，但表皮光滑凹陷，多在顶部叶片上沿中脉出现扇形紫色色素，后扩展成紫斑。
发生原因：主要原因为地温低于10 ℃，造成植株的根系吸收磷肥困难，则出现花青素。露地栽培或大棚秋延后栽培，多在晚秋气温降低时发生。
预防措施：选择用早熟、耐低温的品种，在棚内采取措施，把地温提高至10 ℃以上，一般不再产生花青素。
