随着生态农业和绿色食品生产的兴起和发展，亿万亩退化的耕地需要修复、与时俱进的新型肥料需要创新、新时代的农户需要提高效益，微生物肥料迎来了发展的春天。据了解，微生物肥料在我国已经有60余年的研究、生产和应用历史。截至2013年，全国微生物肥料企业有900多家，11个品种，年产量超过1000万吨，全国从事微生物肥料生产的人员5万多人;年产值能达到150亿元以上，已成为我国生物产业重要的组成部分。

　　随着生物肥料产业的发展进步，微生物肥料菌种的功能化趋势也越发明显。由豆科作物接种剂向非豆科用肥方面发展;由单一菌种向复合菌种、由单功能向多功能化发展;由无芽胞菌种转向芽胞菌种;由微生物菌剂转向生物有机肥。未来研发重点将发生一系列变化。总体来讲，选育性能优良菌株是微生物肥料功效的核心环节，而功能菌株菌群的组合是微生物肥料功效的保证，微生物肥料生产工艺和设备的改进则是产品质量提高和效果稳定的基础，功能产品研究和应用是微生物行业发展的推动力，最终朝着功能更好、效果更稳、针对性更强、成本更低、多元复合等多方向发展。

　　目前保藏的有价值的放线菌有1万余株：对10余种主要农作物土传病原靶标菌有较强拮抗性的放线菌有200余株：对辣椒、草莓、魔芋、马铃薯等连茬种植土传病害有较好防效。经在甘肃连续3年试验，马铃薯增产10%-15%;魔芋死亡率降低50%左右，增产30%-60%;辣椒、草莓增产20%左右，开花期及成熟期提前7-10天，对草莓土传病害的防效达到70%-85%。

　　从整个农业产业及肥料市场发展状况来看，生物有机肥是农业用肥的一个发展方向。未来要积极推进我国自行研制的微生物发酵剂和固体发酵设备的应用，以生物有机肥为目标，实行有机肥纵深开发，与化肥、生物菌种及中微量元素等肥料适量配比，平衡施用，以提高肥料养分利用率，促进农业生产高产、优质、高效。首先，发展微生物肥料可以缓解资源压力、实现可持续发展，利用循环农业实现整个农业可持续发展;其次，可以在一定程度上调整农村产业结构，扩大就业、增加农民收入;此外，从提高我国农产品国际竞争力方面也起到了推动作用。

　　从我国农业发展的战略高度来说，发展微生物肥料和生物有机肥产业是可持续农业、生态农业的要求，也是我国目前绿色食品生产的现实需要，更是减少化肥和农药用量、降低环境污染的必然选择。随着技术的进步，微生物肥料和生物有机肥产业一定能够健康有序地发展，发挥出其应有的经济和生态效益。