为解决化肥恢复征收增值税以前库存化肥的增值税问题，8月28日，财政部、国家税务总局联合下发《关于对化肥恢复征收增值税政策的补充通知》。按该通知规定，库存化肥在未来10个月内增值税税率为3%。此规定的出台，使得生产厂家和经销商不急于在9月1日前清空库存，有助于化肥市场的平稳。

　　《补充通知》规定，自2015年9月1日起至2016年6月30日，对增值税一般纳税人销售的库存化肥，允许选择按照简易计税方法依照3%征收率征收增值税。也就是说，2015年8月31日前生产厂家生产的化肥或经销商购进的尚未销售的库存化肥，到明年7月1日后销售的才征收13%增值税。在此之前销售的，仍按简易计税方法依照3%税率征收增值税。存放在港口用于出口的库存化肥，也参照此规定执行。

　　另外，《补充通知》还对《财政部 国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税〔2008〕81号)做了部分修改。按照后者的规定，对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。为保证化肥征收增值税政策的一致性，这次《补充通知》对这一规定进行了修改，决定第三条关于“化肥”的规定自2015年9月1日起停止执行，也就是说，即使是农民专业合作社向本社成员销售化肥，也同样要征收增值税。