当前，我国种业发展正处于转型升级的关键时期，优良品种选育和推广水平总体还不高，种子企业的科研能力和市场竞争力比较弱，迫切需要全面深化种业体制改革，加快健全种业科技创新体系，要筑牢种业安全根基，牢牢把握农业发展主动权。
　　第一、深化种业科研体制改革。引导公益性科研单位加强基础性、公益性研究，加快与所办种子企业“事企脱钩”;选择部分科研院所和高等院校，开展种业科研成果机构与科研人员权益比例改革试点;依托中国农科院建立种业科技成果公开交易平台，制定成果交易管理办法，促进种业科技成果转化，推动育种资源、技术、人才向企业依法有序流动。
　　第二、支持企业提高育种创新能力。加大政策和项目扶持力度，为育繁推一体化企业开辟品种审定绿色通道;鼓励企业整合并购转企的科研机构及其资源，组建高水平的育种研发机构和团队，建立健全商业化育种体系;引导骨干企业联合或与科研单位合作，构建科研育种创新服务平台，支持杂交水稻和玉米分子育种平台建设;鼓励优势种子企业“走出去”，开拓国际市场。
　　第三、组织国家良种重大科研攻关。以水稻、玉米、油菜、大豆、蔬菜等为重点，编制国家良种重大攻关五年规划;建立国家科技专项支持、社会资本参与的投资机制;开展良种产学研联合攻关，选育适应现代农业发展需要的突破性新品种，促进品种更新换代。
　　第四、加强种质资源保护管理。编制种质资源保护利用中长期发展规划，启动第三次全国种质资源普查，加快濒危种质资源抢救性收集，开展种质资源精准鉴定和深度发掘，修订《农作物种质资源管理办法》。
　　第五、推进国家级种子生产基地建设。推动海南省划定南繁科研育种保护区，加强南繁基地建设与管理;加快推进甘肃玉米制种基地建设，指导编制四川杂交水稻制种基地建设规划和可研报告;推动出台制种大县奖励政策和保险政策，引导企业加快制种基地土地流转或与制种大户、合作社合作，促进制种规模化机械化。
　　第六、加大种子市场管理力度。进一步加强品种审定、品种权保护工作，严格行政许可管理。深入开展打击侵犯品种权和制售假劣种子行为专项行动，加大种子大要案的查处力度，依法公开查处结果。开展种子市场秩序行业评价和企业委托经营制度试点，强化种子质量可追溯管理。