在我国农业文明发展到今天，靠天吃饭说明农业生产中自然条件的决定因素占了很大的一部分。常会遇到“天有不测之风云”，被称为是“靠天吃饭”的高风险行业。对于种子行业的决策人来说运筹帷幄决胜千里之外不能有任何的不确定因素，否则一招就会回到解放前。所以，种子行业高风险始终是阻碍种子行业跨步前行的一个重要因素。以下四种关键元素的重要性：
　　品种结构风险
　　种业的持续竞争力和盈利能力取决于拥有的品种优势，企业要拥有主导品种以及后续品种。品种结构一定要有梯次性，既要有市场上畅销品种，又要有前瞻性的在研品种，还要注意品种的区域适应性和覆盖面积。如果品种过于单一，将随时面临较大的市场份额丢失的风险。许多种业研发能力相对较弱，在遭受自然灾害或出现政策性变化时措手不及。
　　.资金运营风险
　　农作物种植受“种秋实”自然特性的影响，种子收购和销售的集中性，决定种子企业资金运营的特殊性。现金流最充裕的时段为每年春节以后，是企业回款的高峰期;现金流最匮乏的时段是每年第四季度至第二年春节前，在短时间资金使用有爆发性的需求。企业在当年11月到次年1月三个月内，要把全年资金投向收购储备种子;销售要到6月才能结束，资金周转率极低;而7～10月大量资金又被闲置。种子积压将导致资金链断裂，通常如出现库存压种占繁种量的四成至六成或更多，即酿成重大风险事故
　　气候异常风险。
　　种子生产和应用是在开放的环境中，受外界自然条件等不确定因素影响，而气候因素不可预测，使种子企业难以有预见性地控制风险。如干旱、风灾、虫灾等。通常因自然灾害造成某个品种减产，农民一般不会强势索赔;如果气候异常风险与品种质量风险交织在一起，那就可能让种业老板哭天抹泪了!在种业诸多风险中,此类风险对企业威胁最大。因为种子播入农田，它的价值就会成十倍、百倍、甚至千倍放大,潜在的风险性也会无限放大进而引发社会责任风险，处理不当往往引发农民群体事件。一个有规模有实力的种子企业，高盈利催使老板缺乏调查研究仅凭主观想象的赌博式投资行为，很可能遭遇十多年积累的财富瞬时间付之东流。
　　生产周期风险
　　种子生产有明显的周期性，今年销售的种子是去年生产的，去年的生产计划是前年制定的。企业的计划必须走在市场变化之前，尤其是市场热销的品种。每年在制定繁种计划时企业必须有一个正确的决策。种子营销结束期春玉米区在三四月、夏玉米区在五六月，至此才能确定一个品种的市场实际需求和预期前景;而制种繁殖要在每年二、三月落实基地，安排播种。“种业盈亏在于春”，因为销售季节和繁种季节有一个反向时间差，生产和销售不是同步的、连续的，中间有两三个月的断裂期。制种投资的全部风险压力在基地，很难准确地预测哪几个品种最赚钱。市场销售对种子繁殖的指导滞后一年，决策失误极易造成超过企业的承受能力，并导致种子积压的风险。产品价值具有时间性，种子发芽率一般在24个月后逐步减低，转商处理贬值60%～80%。市场分析既是一门技术科学也是一管理科学，产品不积压，基本零库存，是企业经营者的最高思想境界。