莲藕病害主要有腐败病、叶枯病、叶斑病，虫害有蚜虫、食根金花虫，藕田还有福寿螺、蟒虾(龙虾)。藕田不能放鸭子下田。
　　一、蚜虫特别是早期必须控制，亩用70%蚍虫灵4克兑水30公斤喷施;食根金花虫，在5月中下旬每亩用5%锐劲特悬浮剂100-150毫升(新藕田100毫升、老藕田150毫升)加水1公斤稀释，拌10公斤细土均匀撒施;福寿螺亩用45%百螺敌90—135克兑水喷施，每间隔20天连用三次才能基本控制;龙虾亩用20%甲氰菊脂120毫升兑水以田四周为主进行防治。虫害防治注意交替用药以免产生抗性降低防治效果。
　　二、病害在农艺措施上采取轮作、种子处理、土壤处理(用亚联生物肥处理连作田有特效)合理施肥等。病害用药防治方法：发病初期用50%多菌灵可湿性粉剂600-800倍液，或50%托布津可湿性粉剂800-1000倍液，或用50%多菌灵可湿性粉剂600倍液加75%百菌清600倍液喷雾。也可用上述混合药粉500克拌细土25-30公斤，撒入浅水层中，2-3天后再用上述混合剂600倍液或70%甲基托布津800倍液喷洒叶面或叶柄，连喷2-3次，能有效地减轻或控制蔓延(切记叶面病害防治要加粘着剂，而且以喷施叶背为主)。