1、灭菌接种采用常压灭菌，水烧开后保持开锅6—8小时，再闷一夜，待袋内料温降至25°C以下时，在无菌条件下接种菌种接于袋两头。接种应在无菌条件或接近无菌状态的房种进行，菌种应选用生活力旺盛、健壮、无杂菌污染的适期菌种。
　　2、发菌期管理接种后将栽培袋放入干净的培养室内发菌培养，室内温度保持22—25°C，正常情况下，接种后10—15天菌丝可伸入培养基20—25mm。如果发菌顺利，接种后20—25天菌丝可覆盖整个料面，此阶段要求挑出杂菌，并将发菌袋未满袋的菌袋排在一起继续发菌。
　　3、搔菌及催蕾发菌结束后要立即进行搔菌，把接下去的菌种块挖掉，使子实体从培养基表面一齐发生，如果培养基表面很干，可以采用刮搔，既把老菌种种皮和5—10mm培养基一起成块刮掉，菌丝受搔菌的机械刺激和低温刺激就可形成原基，要保持空气湿度90%—95%和加强通风，可抑制搔菌后袋表面形成的气生菌丝形成，有利于催蕾出菇。此期应保持空气相对湿度的95%左右为宜，温度控制在10—15%°C为好，用报纸覆盖或盖膜保湿，以诱发出菇，一周后，陆续长出尖状菌蕾，蕾头白色为正常。
　　4、均育和抑制均育是利用抑制工艺的低温，使抵抗力弱的原基不致于枯死，增加抵抗力，能均匀发育。均育要求温度约8°C，空气湿度85%—90%，一般2—3天。抑制是为了抑制先伸长的金针菇的生育，促进后长的金针菇的伸长，使所有的菌柄长度整齐一致，抑制始期以菌柄长1mm，菌盖直径为1.5mm为适，抑制期温度保持在3—5°C，温度为85%—90%，Co2浓度在0.1%以下，抑制期7天左右。还可采用降温、降湿，通风措施，延缓子实体形成，使其同步进行，以利出菇整齐，成批菜菇。
　　5、生育阶段的管理当菌柄长0.5棗1.0Cm时，增加光照，有增产和提高品质的作用。由于金针菇子实体具有很强的向光性，从菇体长2—3Cm时开始套纸筒到收获，用一定的光照可引诱导菌柄向光伸长，因此，在床架上方每隔3—5Cm吊一个15w灯泡，产生垂直光，促进菌柄伸长。此阶段以温度8— 15°C，空气相对湿度85%—90%，菇房中Co2含量保持0.10%—0.15%为宜，这样可达到抑制菌盖开伞，促进菌柄伸长的目的。约15天，菌盖直径可达1—2Cm，菌柄长可达8—15Cm，即可进行采收。
　　6、适期采收当菌柄长13—14Cm，整齐，菌盖直径1Cm左右，边缘内卷，没有畸变，菌柄菌盖不呈吸水状，菌柄根根分清，又圆又粗，全体纯白色，菇体结实，含水量不过多时为采收期。采收前几天要检查菌盖含水量，如果含有很多水分，采收前两天要通风，促进水分蒸发。采收后把菌柄基部和培养基连接的部分培养基及生长不良的菇剔除，按市场要求进行小包装，或用聚乙烯薄膜袋抽气密封，低温保藏。二潮菇后，为提高产量和品质，可将菌柱脱出调头袋装，也可封闭原出菇袋口，打开另一头出菇。