1、育菇场地选择不当。如选择在阴暗、通风不畅或不卫生的场所种植，以致杂菌污染严重，香菇不能正常生长而失败;有的虽勉强发菌，但因出菇期空气流通不畅，二氧化碳含量过高而中毒受害，不能出菇或形成畸形菇。所以，种植香菇首先要选择通风条件好， 并有散射光的场所进行，并保持清洁卫生，抓好消毒措施。初次种菇场所，应采取石灰水刷墙、生石灰撒于地面的措施进行消毒， 撒在地面的生石灰应于次日清扫出去;老菇场则可用高锰酸钾加福尔马林熏蒸消毒;有虫害的菇场先喷杀虫剂消灭害虫，再进行消毒。
　　2、培养料选择或配制不当。用已经污染、结块的原料种植香菇，易造成大面积污染或不发菌。在调配培养料时，向料内过量加入尿素等氮肥，氮肥在接种后容易分解释放出氨气，使菌丝体受到毒害，不能正常发菌。因此，一定把好选料与配料关。要洁净的原料，并搞好消毒处理，在配料时不可随意添加化学肥料，只有在堆料发酵种植香菇时，才能适量添加尿素补充氮源。同时，在配料过程中，要特别注意培养料的湿度，水分含量不可过高或过低，否则对发菌都不利。
　　3、菌种选用不当。如冬季选用高温型品种，春季选用低温型品种，或播种已经老化或已被污染的菌种等，都易造成发菌缓慢或不发菌、出菇迟或不出菇。所以，在种植香菇时，应根据当时当地的气候条件，选择适宜的菌种，不使用老化或被污染的菌种。
　　4、管理不善。香菇在自然温度条件下，出菇期的管理是光照、水分和通气。在出菇期间，靠散射光即可满足需要，在菇房种菇光照不足，出菇缓慢，可用电灯光补充，以诱导出菇。空气湿度是出菇期的重要条件，为了增加湿度而盲目增加喷水量，甚至直接向菇体喷水，会使一些小菇闷死，一些已长大的菇也会因水渍而溃烂发黑。因此，在香菇出菇期间，应讲究补水方法，以向空中喷雾为好，同时还应注意通风换气，以免二氧化碳积累过多，导致子实体不能形成，或形成畸形菇。此外，不合理的采收也影响产量的提高，一些菇农采大留小，想让小的菇体继续生长， 结果不仅不能长大，还延长了出菇期，影响下茬菇的产量。