将病害消灭在萌芽之中。初发之时，是防止病害大量繁殖形成危害的主要措施。对初发病害，应下狠心进行彻底处理对菌袋立体栽培的，连同发病菌袋清理出棚，浸药后深埋处理。数量较大时，可喷药后进行堆闷，也可撒拌石灰粉后进行堆闷，方法是;建堆后，用稀泥巴将料土堆封堆，令其自然发酵、产热，杀死病菌。对覆土栽培的，应扩大病区范围连同基料一控到底，清理出棚。
　　首先，清理菇棚周边环境，诸如粪堆、草堆、垃圾等应清理干净，将杂草类一并清除，多次喷洒500倍左右的杀菌剂多菌灵类杀菌剂药物，以彻底清洁环境。
　　对老菇棚应予刮除墙皮，有条件时可将地表铲除1厘米左右，基后兑制50倍蘑菇祛病王溶液，对棚内进行地毯式喷洒，即使墙体、边角、立柱、通风孔等亦应喷洒药物，不留任何死角，揭去棚膜上的覆盖物，令其暴晒，约5～7天即可启用。该项措施能够较彻底地杀灭棚内病毒、病原菌，其基本原理是：蘑菇祛病王是一种杀菌抑菌剂的复配药物，对病毒病菌有着较强的杀伤力。也可使用10倍强优戊二醛溶液、200倍金星消毒液，生产中尽管甲醛的刺激性较大，但配制多甲溶液喷洒杀菌的效果亦很好，一般可按多菌灵：甲醛：水为1：2：100的比例，如果上季栽培时病害较重可适当加大农药浓度。
　　对原发病害严重的菇棚，可拆除上层架杆、塑膜等物，棚内堆以秸秆杂草，点燃焚烧，将草灰翻入土层中，重新架杆覆膜，再施以药物喷洒，效果很好，该法采用物理化学结合方式进行杀菌，相对要彻底一些。但具体操作时应选择无风天气，并备有适当的灭火手段，菇棚集中区域应统一行动，此外靠近村庄、建筑物的菇棚不要采用该法，以免发生火险。
　　基料处理要严格，这是确保“不带病进棚”的关键环节。该阶段包括干料的暴晒处理，堆酵处理的均匀一致和装袋播种的规范化、熟料接种以及培养发菌等环境的清洁杀菌。完成发菌后，菌袋进棚前应配制200倍蘑菇祛病王溶液，盛于大盆等容器，将菌袋逐浸洗一遍后再进棚。
　　菇棚内经常喷洒杀菌抑菌药物，是出菇管理过程中主要的预防手段。自菌袋进棚或基料进棚播种后，即应经常喷施药物，以达预防病害之目的。由于棚内相对密闭，通气相对较差，加之空气湿度偏高和温度较恒定，故可诱使病害的发生。