西瓜褐色腐败病病害病菌主要通过种子、流水、灌溉水以及劳动工具进行传播。当气候条件高温、高湿和通风条件不良时，病害容易发生流行。
　　西瓜褐色腐败病苗期、成株期均可发生。苗期染病，主要为害根茎部，引致根腐。根茎部染病，土表下根茎处产生水渍状弥散型病斑，皮层初现暗绿色水渍状斑，后变为黄褐色，逐渐腐烂，后期缢缩成蜂腰状或全部腐烂，致全株枯死。成株染病，初生暗绿色水渍状病斑，后变软腐败，病叶下垂，不久变为暗褐色，易干枯脆裂。茎部染病，病部现暗褐色纺锤形水渍状斑，病情扩展快，茎变细产生灰白色霉层，致病部枯死。蔓的先端最易被侵染，致侧枝增多，在低洼处的蔓尤为明显。果实染病，初生直径1厘米左右的圆形凹陷斑，病部初呈水渍状暗绿色，后变成暗褐色至暗赤色，斑面形成白色紧密的天鹅绒状菌丝层，别于西瓜疫病。该病扩展迅速，即使很大的西瓜，也会在2～3天腐败掉，损失严重。
　　(1) 选用耐湿品种。
　　(2)施用酵素菌沤制的堆肥或充分腐熟有机肥，采用配方施肥技术，减少化肥施用量。前茬收获后及时翻地。
　　(3)采用营养钵育苗的，移栽时用双多悬浮剂(西瓜重茬剂)300～350倍液灌穴，每穴400～450毫升，每667m2用药lkg。
　　(4) 对于直播的，分别在播种和5～6片真叶时，用上述药液600～700倍液浇灌，隔7～10天1次，共灌2次，总用量lkg。
　　(5) 加强管理，雨后及时排水。
　　(6) 药剂防治，发病初期喷1%的等量式波尔多液，或代森锰锌600-800倍液，50%甲基托布津1000倍液，70%百菌清500-800倍液。每10天1次，共喷2-3次。棚室保护地可选用烟雾法或粉尘法。采用烟雾法时，在发病初期，每667m2田45%百菌清烟剂200～250克分放在棚内4～5处，用香或卷烟等暗火点燃，发烟时间棚，熏l夜，次晨通风，隔7天熏1次，可单独使用，也可与粉尘法、喷雾法交替轮换使用。粉上法于发病初期傍晚用喷粉器喷撤5%百菌清粉尘剂或10%多百粉尘剂、10%防霉灵粉尘剂。每667m2 1kg，隔9～1l天1次。采用喷雾法时，在发现中心病株后选用70%乙膦?锰锌可湿性粉剂500倍液或72.2%普力克水剂800倍液、15%庄园乐水剂200倍液、30%绿得保悬浮剂500倍液、56%靠山水分散微颗粒剂800倍液，对上述杀菌剂有抗药性的地区可改用72%克霜氰可湿性粉剂800倍液或72%杜邦克露可湿性粉剂或72%霜脲锰锌(克抗灵)可湿性粉剂800～900倍液、18%甲霜胺锰锌可湿性粉剂600倍液，每667m2喷对好的药液50升，隔10天左右1次，连续防治2～3次。褐色腐败病与白粉病混发时，可用72%克霜氰可湿性粉剂1000倍液加15%三唑酮可湿性粉剂2000倍液;褐色腐败病与炭疽病混发时可用72%克霜氰可湿性粉剂1000倍液加50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液喷洒可兼防两病。对72%克露、克霜氰、霜脲锰锌(克抗灵)及58%瑞毒霉产生抗药性的地区可改用69%安克锰锌可湿性粉剂或水分散粒剂1000倍液，每667 m2用量90～100克。生产上使用绿得宝、靠山等铜剂时，应避免在露水未干或阴雨天用药，以免产生药害。