欧美发达国家从上个世纪80年代开始，陆续进入了农业良性发展的新阶段。德、法等国化肥用量减少了31%~47%，粮食单产却提高了51%~52%，同期我国虽然粮食单产提高了56%，但化肥用量增加了225%。目前我国以占世界8%的耕地施用了世界30%以上的化肥，从而生产了占世界20%的粮食，化肥的功绩不可抹杀，但过量使用的弊病也越来越明显。
实际上，我国的化肥生产原料均极为紧缺，如生产氮肥的能源、生产磷肥的硫酸、高品质磷矿和生产钾肥的钾盐。
而大量施肥不仅使地表水富营养化日趋严重，温室气体(如氮肥在田间释放的氧化亚氮)排放不断增加，而且造成了土壤的酸化与结构破坏，目前土壤酸化已经在我国南方对农业生产形成了明显的危害。
同时，过度施肥提高了农业生产成本。化肥的增产效益已经从上世纪80年代每公斤养分增产10斤粮食下降到不足5斤，施肥已成为我国农民最大的生产开支，是我国农业生产经济效益不高的重要原因之一。
目前，欧洲国家有机肥施用比例多为45%~60%， 美国则高达60%~70%。但是按最乐观的估算，我国的有机肥施用量也只有3036.7万吨(养分量)，不足全部施肥量的36%。
有机肥肥源并非不足
2008年，我国有机肥资源实物量为49.5亿吨，其中的氮磷钾养分含量为7405.7万吨，相当于化肥养分量的137%，但是我们仅利用了大约41%。以钾肥为例，我们在极其困难的条件下从罗布泊与察尔汗这些荒漠无人区开采钾盐，年产钾肥300余万吨，可是我国每年产出的秸秆就含钾1400多万吨。如果加上人畜粪尿中的钾，钾资源总量在3000万吨以上，是远比钾盐矿更丰富的钾肥资源。可是，这些宝贵资源却因利用率低，很大部分反而成为了环境污染源。
有机肥资源利用率低的主要原因是：我国的畜禽养殖已逐步专业化、规模化，多数农民没有畜禽粪便使用，而畜禽养殖场又缺乏有效、合理的渠道将畜禽粪便用于农民的农田。部分畜禽养殖场利用畜禽粪便生产的商品有机肥，单位养分的价格又高于化肥，农民使用商品有机肥，经济上并不合算。作物秸秆是每户农民都拥有的资源，但秸秆还田需要一定的机械条件，而多数农民因经营规模小，不可能购置专门的还田机械，只能迫不得已一烧了之。
推广有机肥应系统布局
有机肥替代化肥在许多情况下并没有明显的经济效益，却有巨大的生态效益与社会效益。节约能源、节约资源和保护环境是政府的责任，因此施用有机肥的成本不应全部由农民承担，政府应该为此加大投入。建议政府有关部门统一思想，确定有机无机配合施用的肥料发展战略，在增加有机肥施用的基础上，在过量施用化肥的地方适当减施化肥。
目前我国的化肥产量已经超过施用量，预计到2030年我国人口高峰时粮食需求是6.3亿吨，按95%自给率计，需要生产6亿吨，大约需要增加农田养分供应约1250万吨。2009年我国生产化肥6706万吨，施用化肥5404万吨，表明现有化肥产能已经可以满足2030年的需求，如果增加有机肥施用，对化肥的需求还将进一步减少，所以应当停止扩大化肥生产规模。可是2010年仍有氮肥施工项目356个，磷肥施工项目180个，钾肥施工项目51个，复混肥施工项目586个，这种盲目扩大化肥生产的做法不符合我国肥料施用的战略方向，也不符合目前化肥供求的现状，必将造成极大的浪费。
建议国家参照欧美各国的经验，制定适合于我国条件有机肥施用的补贴办法，以鼓励农民增施有机肥。如对实施秸秆还田的农户按还田面积进行补贴;对种植绿肥的农户提供种子与翻压经费;根据畜禽粪尿产量与处理规模对畜禽养殖场建设储存、发酵与运输设备，以及养殖场对农民进行粪尿施肥服务的面积给予补贴;对于消纳半径过大的大型养殖场，可以支持其生产商品有机肥，由于这些企业难以享受增值税返还的优惠政策，应考虑按其生产规模予以适当补贴。
目前实施的测土配方施肥工程项目正在逐渐改变盲目与过度施肥的现状，为了适应有机无机配合的施肥战略要求，有必要深化与发展测土配方施肥工程，将有机肥施用纳入工程的计划之内。
同时，应完善有机肥施用的配套措施。我国今后的有机肥种类必将以畜禽粪便和农作物秸秆为主，绿肥、饼粕以及符合环保要求的城市废弃物(如餐厨垃圾、生活垃圾)加工的有机肥等为辅。应该为这些有机肥的施用创造条件，如畜禽粪便应以简易发酵后直接施用为主，应当要求畜禽养殖场配备充分的粪尿储存设施、发酵设备与运输工具;秸秆应以直接还田为主，除应研制适应不同需要的还田机械外，还应完善类似于小麦收获那样的农机服务体系以服务于农民;绿肥则应迅速完善种子繁育基地建设。另外，应该及早制定有机肥的质量标准，特别是对重金属与有机污染物含量应从严控制。
长期以来，我国在科学研究上重视化肥忽视有机肥，目前有机肥的科学研究经费少，人员不足，导致科研成果远不适应生产的需求，如寒冷地区的有机肥积造与施用技术，畜禽养殖场的畜禽粪便简易处理的适用装备与施肥技术都需要加强研究。
